Instituto Suíço de Bioinformática, SIB
Se você fornecer aos pesquisadores o conjunto de ferramentas certo, eles desafiam os limites. O armazenamento em camadas StorNext® ajuda-nos a receber os dados rapidamente, a movê-los imediatamente para arquivar, e a mantê-los prontos para que os bioinformáticos possam continuar seu trabalho.  

 

– Professor Ioannis Xenarios
Diretor do Grupo Vital-IT, Instituto Suíço de Bioinformática, SIB

Eureca! Quebrando os Códigos "Ômicos" com StorNext no Instituto Suíço de Bioinformática, SIB

O Instituto Suíço de Bioinformática, SIB, está na vanguarda da próxima grande revolução em ciências da vida – aplicando metodologias computacionais à genômica, proteômica e outras ciências da bioinformática. O trabalho do SIB está cada vez mais focado na genômica aplicada para melhorar a qualidade de vida.

"O SIB trabalhou recentemente em um algoritmo para um teste de diagnóstico pré-natal para doenças como a síndrome de Down", explica o Professor Ioannis Xenarios, Diretor no Grupo Vital-IT. "Com uma simples análise ao sangue da mãe às 11 semanas, nós podemos sequenciar material genético do feto no útero. É menos invasivo – e tem menos riscos do que a habitual amniocentese. E mostra como a genômica está se tornando mais relevante no nosso dia a dia."

Mais de 30 TB por Semana Criam Desafios Únicos no Gerenciamento de Dados

O SIB opera em seis centros de sequenciamento e suporta 300 equipes de investigação que geram até 30 TB por semana.

"Nos últimos anos, o sequenciamento se tornou muito mais rápido", explica Roberto Fabbretti, Cientista Sênior e Gestor de TI no Vital-IT. "Isso significa que nós estamos fazendo mais projetos que nunca e que nossos dados estão crescendo muito rapidamente."

Investigação de Longa Duração Exige Administração de Dados

"Para investigações em áreas como o câncer e imunoterapia, nós capturamos grandes quantidades de dados sequenciados para cada paciente", afirma Xenarios. "Se essa pessoa voltar a cada semana ou a cada mês, todos os dados dos testes anteriores necessitam ser disponibilizados com rapidez e precisão aos pesquisadores em um curto período de tempo. Para escalar nossos esforços de bioinformática para suportar dezenas de milhares de pacientes, necessitamos olhar para formas econômicas de preservar dados genômicos por 20, 30, ou 40 anos – criando, de forma eficaz, uma visualização do paciente desde antes do nascimento até a morte."

Armazenamento de Alto Desempenho em Escala de Petabytes

Atualmente o Vital-IT suporta sua infraestrutura de investigação com o armazenamento escalável StorNext da Quantum. Os pesquisadores obtêm sequenciamento de alta velocidade e análise por meio de quatro sistemas separados StorNext – quase 1 PB de armazenamento primário e 4 PB de arquivos de fita econômicos. O StorNext suporta processamento de alto desempenho usando IP por meio de Infiniband, mantém dados ativos no armazenamento primário para análise, e move automaticamente os dados para um arquivo de fita AEL à medida que vão envelhecendo. Mais de 600 usuários acessam dados em um dos centros de dados, ou remotamente, por meio de uma interface CIFS.

Acesso de Autoatendimento Mantém Dados Genômicos Prontos para Investigação

"Os dados que nossos pesquisadores capturam e analisam fornecem respostas importantes atualmente, mas também têm o potencial de serem úteis meses ou anos mais tarde quando novas aplicações analíticas puderem extrair informação das mesmas sequências brutas", afirma Fabbretti. "O StorNext permite-nos oferecer arquivamento a longo prazo econômico para todos os nossos projetos, independentemente da duração planejada para o projeto."

Os dados arquivados ainda aparecem onde os pesquisadores esperam que estejam no sistema de arquivos, para poderem ser facilmente acessados de forma direta, sem o suporte de TI.

"Se você fornecer aos pesquisadores o conjunto de ferramentas certo, eles desafiam os limites", afirma Xenarios. "O armazenamento em camadas StorNext ajuda-nos a receber os dados rapidamente, a movê-los imediatamente para arquivar, e a mantê-los prontos para que os bioinformáticos possam continuar seu trabalho."

Proteção Automatizada para Alguns dos Conjuntos de Dados Mais Valiosos na Terra

"O StorNext não nos ajuda somente a garantir que capturamos dados rapidamente – também torna o arquivamento um processo automatizado, econômico para nos ajudar a cumprir nossa missão como administrador de dados", afirma Fabbretti. "Nós sempre fazemos duas cópias dos arquivos na fita, mantendo uma disponível no arquivo e a outra vaulted para fornecer uma camada adicional de proteção contra qualquer tipo de falha de hardware ou dano em uma localização."

"Nós estamos lidando com alguns dos conjuntos de dados mais valiosos na terra", explica Fabbretti. "O StorNext proporciona-nos uma capacidade de arquivo de vários petabytes, proteção de dados a longo prazo, e a competência para recuperar facilmente versões de arquivos – é uma parte crítica fundamental dessa estratégia."

Escalabilidade Mantém o SIB Pronto para O Que Vem a Seguir

"O StorNext tem suportado o nosso crescimento durante mais de seis anos. Nós sabemos que podemos adicionar facilmente mais disco e capacidade quando precisamos. Na verdade, nós fomos além da genômica para armazenar e proteger conjuntos de dados de pesquisa médica gerais. É importante para nós o fato de o StorNext poder incluir facilmente camadas adicionais, como a nuvem ou o armazenamento de objetos no nosso fluxo de trabalho de armazenamento quando é chegado o momento de expandir."

Benefícios Chave

  • Fornece ingestão de dados de alto desempenho para acelerar fluxos de trabalho genômicos
  • Desempenho e capacidade facilmente escaláveis para acompanhar até 30 TB/semana de crescimento de dados
  • Equilibra o desempenho e os custos com camadas primárias de armazenamento e de arquivo que mantêm os dados de pesquisa prontos para reutilização
  • Protege automaticamente dados genômicos valiosos com várias cópias de arquivo
  • Suporta o armazenamento de objetos de última geração e camadas de armazenamento na nuvem da Quantum, tornando-o mais fácil de escalar

Sobre o Instituto Suíço de Bioinformática e o Grupo Vital-IT

Incluindo cerca de 60 grupos de investigação e serviço de bioinformática e perto de 700 cientistas das principais escolas suíças de ensino superior e institutos de investigação, o Instituto Suíço de Bioinformática, SIB é uma fundação acadêmica, sem fins lucrativos, estabelecida em 1998. O SIB coordena a investigação e a educação em bioinformática na Suíça e fornece serviços de bioinformática à comunidade de ciências da vida nacional e internacional. O Grupo Vital-IT do SIB fornece recursos computacionais, infraestrutura de armazenamento, suporte de desenvolvimento e experiência em bioinformática para ajudar a investigação do comportamento da comunidade científica do SIB, e apoia as práticas clínicas para empresas médicas associadas.